Po svěcení působil Václav Fišer v letech 1952-1953 v Kloboukách u Brna, 1953-1965 v Českém Rudolci a dalších čtrnáct let prožil jako farář v Lukách nad Jihlavou. Od roku 1979 až dosud působí Mons. Václav Fišer v Hustopečích u Brna. V letech 1988-2008 vykonával službu děkana hustopečského.
Díky jeho iniciativě a velkému osobnímu nasazení byl v Hustopečích v devadesátých letech minulého století vybudován nový kostel sv. Václava s kaplí sv. Anežky, který brněnský biskup Vojtěch Cikrle posvětil 25.9.1994.
V roce 2000 jmenoval Václava Fišera papež Jan Pavel II. kaplanem Jeho Svatosti s právem užívat titul monsignor. V roce 2007 ocenil jeho obětavou kněžskou službu brněnský biskup Vojtěch Cikrle udělením medaile sv. Petra a Pavla.
